朱瑞新博士研究简介

朱瑞新博士长期致力于药物设计的科学与教学研究工作。在“药物设计”领域积累了丰富的实际经验。

此外,朱瑞新博士在学生培养方面表现优异。

欢迎全国各大院校学生联系商讨攻读研究生相关事宜。朱瑞新博士现除了在同济大学生命科学与技术学院招收硕士生外,在辽宁中医药大学药学院直接或联合招收硕士和博士生,其中在辽宁中医药大学药学院所招收的学生均放于上海培养(除非该生自己希望留在大连)。请直接通过Email与朱瑞新博士联系咨询相关事宜。

科学研究 

一、主要致力于发展并运用化学/生物信息学、计算化学/生物学和有机合成方法,结合药理测试,进行相关药物研究,代表性工作有

1.       靶点特异性抑制剂设计模型

将“蛋白质化学计量学/Proteochemometrics”成功运用于构建HIV-1HDACGPCR等靶点特异性抑制剂设计模型,并将复合物指纹成功引入到该模型中,代表性成果有PLoS ONE, 2012,7(7): e41698. doi:10.1371/journal.pone.0041698 (通讯)BMC Bioinformatics, 2012,13:212(通讯)。目前将该模型应用于抗原-抗体的研究中,获得国家自然科学基金资助。

2.       多靶点共同抑制剂设计模型

将“多任务学习/Multi-task learning”成功运用于构建HIV-1的多个靶点和HIV-1HCV的多个靶点共同抑制剂设计模型,代表性成果有BMC Bioinformatics, 2011, 12:294(并列通讯)Chin. J. Chem., 2010, 28 1587-1592(通讯) 。目前这两篇文章均受到广泛关注。

3.       活性位点预测与计算

将序列保守性和排序融合等方法成功运用于活性位点预测,代表性成果有IJMS,2012, 13(7):8752-8761(通讯)BMC Bioinformatics, 2011, 12(Suppl 14):S9(通讯)此外,近期将复合物结构信息融入到预测算法中,使得预测成功率大幅提高,正在进行专利申请

4.       计算机辅助药物设计方法的具体应用

通过与其他实验课题组合作,将分子模拟方法成功运用于herb-drug相互作用、Hedgehog Signal最佳药物筛选模型选择及抑制剂改良和设计模型和活性/毒性靶点等研究中,代表性成果有IJMS, 2011, 12(5), 3018-3033(第一)IJMS, 2011, 12(5), 3250-3262(第一) Toxicology 2011, 283 (2-3), 96-100(并列通讯);Molecular Informatics 2013, in press(通讯);Chem Biol Drug Des 2013, in press(并列通讯)

 

正在或即将开展的工作有

1.       中药现代化

综合运用基因芯片技术、CMap数据库比对分析、差异共表达基因过滤和“决速步”酶实验策略致力于中药的多通路作用机制研究。

2.       质子泵抑制剂(Proton Pump Inhibitor, PPI)改良

PPI时间序列芯片着手对PPI的副作用进行全面研究;以CYP2C19为主进行PPI代谢快慢研究;综合运用各种计算机辅助药物设计方法对PPI进行结构优化;合成新的PPI类似物进行药理和毒理研究。

3.       非酒精性脂肪肝(Non-Alcoholic Steatohepatitis, NASH)生物标记物及病理研究

利用NASH全基因组芯片对NASH可能的生物标记物或病理进行初步研究,已取得初步成果PLoS ONE 2012 ;7(12):e51131. doi: 10.1371/journal.pone.0051131;从分子网络层面,深入开展NASH可能的生物标记物或病理研究:1Meta analysis;和2、不同肝病病理阶段高通量数据的综合分析。

二、生物活性化合物和发光材料化合物的合成方法学研究

1、非天然氨基酸

非天然氨基酸是当今最为热门和常用的医药中间体之一。非天然氨基酸不仅传承了天然氨基酸的部分特性,还可以从多个方面弥补天然氨基酸作为药物在吸收方面先天不足,因而是发展大分子药物的主要来源;同时现已发现非天然氨基酸又是发展小分子药物主要来源。

2、有机硼酸

有机硼酸被公认为是绿色环保的催化剂。它不仅可以通过各种修饰来实现对多种反应都有催化功能;同时由于其反应条件温和,并且易于回收重复利用,因此,发展各种各样的有机硼酸已成为各大制药企业和科研院所的研究热点。

朱瑞新博士现每年以第一作者或者通讯作者身份发表SCI研究论文不少于十篇.

教学研究

一、计算机辅助药物设计

致力于《计算机辅助药物设计》本科教学的研究。已出版本科教材一部,发表相关教学论文两篇。

二、JavaC/C++PythonRMatlab等语言在生物信息学研究中的运用研究

   对于生物学和化学背景的学生而言,仅仅为了应付类似于全国计算机等级考试并不难,但是如何将这些语言用于解决实际的生物学或者化学相关的问题时,往往都有一个较长的“无从下手”阶段。那么,结合典型的实际问题,一步一步,以实际操作为主,详细的介绍以上五种语言,最后推出一部经典的实验教材就是朱瑞新博士2011年8月至2013年9月期间的主要工作任务。

     朱瑞新博士现每年以第一作者或者通讯作者身份发表教学相关论文不少于一篇

学生培养

1、大三本科生吴顶峰以第一作者身份在生物信息学知名杂志BMC Bioinformatics在线发表研究论文(http://www.biomedcentral.com/1471-2105/13/212/abstract)。http://life.tongji.edu.cn/show.aspx?info_id=1352&info_lb=103&flag=103

2、大三本科生张一达以第一作者身份生物信息学知名杂志PLoS ONE在线发表研究论文(http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0051131)。

    有任何相关科研或教学合作意向,请直接联系朱瑞新博士(rxzhu@tongji.edu.cn

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